במשך 30 שנה רופא אוסתיופתי (מטפלים דרך העצמות) ומנתח בשם דר' ג'ון אפלג'ר היה הכוח המניע מאחורי השימוש במערכת הק"ס לאבחון ולטיפול בבעיות רפואיות, הקשורות לכאבים ואי תפקוד. מחקריו הם שהובילו  להתפתחות של הטיפול בק"ס.

ההיסטוריה של גילוי מערכת הק"ס היא חדשה למדי. בתחילת המאה הקודמת (1900) הייתה לדר' ויליאם סאדרלאנד, בארה"ב, הארה. הוא ראה שעצמות הגולגולת בנויות כך שיתנו תנועה וגמישות האחת ביחס לשנייה. במשך 20 שנה הוא עשה אבחונים וחקירות על גופו עם מכשיר דמוי כובע, שהוא בנה. באמצעות מכשיר זה, הפעיל לחצים על חלקי הראש השונים בכדי לראות את השפעתם על עצמות הראש. אשתו רשמה את השינויים האישיים והבריאותיים שהתרחשו בגופו.

בתחילת שנות ה- 30, דר' סאדרלאנד הוציא לאור מאמר ראשון על הנושא, שהתבסס על החקירות שלו, ובעקבותיו התפתחה שיטה של בדיקה וטיפול לעצמות הגוף. אז, הוא התחיל ללמד קבוצות של אוסתיופתים את שיטתו, הנקראת "קראניו אוסתופתיה".

 ב-1970 תוך כדי ניתוח צוואר, ראה דר' אפלג'ר תנועת קרומים של חוט השדרה בקצב של 10 פעמים בדקה. שום רופא לא היה יכול להסביר את זה, וגם בספרי הרפואה לא הופיע שום מידע.

 שנתיים לאחר מכן הלך דר' אפלג'ר  לסדנא על שיטת דר' סאדרלאנד ולמד חלק מהטכניקות לאבחון ולטיפול. דר' אפלג'ר הבין אז, ששיטת דר' סאדרלאנד הסבירה את מה שהוא ראה בזמן ניתוח הצוואר. מאז, שיכלל את שיטתו של סאדרלאנד וקידם אותה מאד .

 בשנת 1975, התבקש דר' אפלג'ר להצטרף לאוניברסיטה של מדינת מישיגאן בארה"ב, לבית ספר לאוסתופתיה, בתור חוקר קליני ומרצה, ועמד בראש צוות מחקר שהוכיח לראשונה שמערכת הק"ס אכן קיימת ויכולה לשמש ככלי אבחוני וטיפולי לבעיות במוח, בעמוד השדרה, ובבעיות נוספות שלא היו מובנות עד אז.

 במשך 32 שנים, מאז התחיל במחקריו , כתב דר' אפלג'ר כמה ספרים על שיטת הק"ס ובתוכם הספר:  Cranio Sacral Therapy וגם הספר:   Your Inner physician and you בספר זה מוסברת השיטה בשפה פשוטה המובנת לכל אחד.

 אף שיש עוד שיטות לטיפולי גולגולת, העבודה של דר' אפלג'ר מייחדת אותו בכמה אופנים: לפי שיטתו, הטיפול החשוב ביותר הוא שיחרור רגשי דרך הגוף ( (SER- שהוא התפתחות טבעית של ק"ס - מדגיש את חשיבות הרגשות לבריאות שלנו, ומטפל בבעיות הקשות ביותר.

 על אף גילו המבוגר, ממשיך דר' אפלדג'ר לעבוד ולקשור את שיטת ק"ס למערכת החיסון, לטיפול בסרטן, לשימוש בתאי גזעstem cells) ), לשיפור בתפקוד המוח, ולטיפול בתינוקות.

.